1.污染企業的“上山下鄉”
隨著工業用地趨緊、勞動力成本，上升城區環保監管加強等因素的影響，大量污染企業逐步向農村轉移，特別是一些“小散亂污”的“村中廠～”，管理混亂，污染嚴重。一些未經處理的生產廢水，直接排入田邊水溝，嚴重污染了廠區周邊土地;生產過程中還存在跑冒滴漏、危廢亂堆亂放等現象，嚴重污染周圍水源和土壤。
2.高污染化學品的超量使用
為了提高農業產量和生產效率，我國每公頃土地化肥用量是世界平均用量的3～4倍，農藥使用量是世界平均水平的2.5倍?；?、農藥除草劑等高污染化學品的大量不合理使用，不僅造成土壤和水源污染，給農產品品質和安全帶來很多嚴重問題，而且使病蟲害的免疫能力增強，形成惡性循環，導致生物多樣性下降，生態系統服務功能退化，嚴重威脅生態系統的穩定性"。
3.危險廢物的非法傾倒
一些不法分子利用農村地區幅員遼闊、地廣人稀的特點，將危險廢物長途運輸至偏遠的農村地區非法傾倒。農村成為危險廢物“下鄉”的聚集地，危害嚴重。
治理對策
農村是生態文明和美麗中國建設的主體，打好農業農村污染治理攻堅戰勢在必行，這是一項復雜的系統工程，必須多元共治。