1、養殖結構不合理
近年來規?；竽琉B殖產業得到不同程度的發展，養殖規模進一步擴大，但中小規模養殖模式還占據相當大的比例。規?；竽琉B殖產業雖然養殖比較集中容易管理，但是每天所產生的畜禽糞物數量較大，這類污染物得不到妥善有效的處理，直接向外排放，從而造成了嚴重的污染。而中小規模養殖模式所選擇的養殖技術比較落后，產生的污染物，雖然數量較少，但是分布較為廣泛，造成了嚴重的點面污染。由于整體養殖結構不合理，給污染物治理帶來很大難度，畜禽養殖場產生的糞便污染得不到妥善有效的利用，直接向著江河湖泊和周圍土地排放，造成了嚴重的水土污染和空氣污染。
2、養殖布局缺乏規劃
現階段不管是集約化規?；笄蒺B殖產業，還是中小規模養殖產業，都普遍存在著養殖布局缺乏規劃的現象。由于受到歷史因素的影響，養殖場在選址布局和建設過程中存在這樣或那樣的問題。很多養殖場在發展養殖產業過程中盲目擴大養殖規模，一味的追求經濟效益。很多養殖戶經常將養殖場建設在水源附近，對水源造成嚴重污染。另外很多早期建造的養殖場主要位于禁養區和限養區，，這些區域的生態環境承載能力較為脆弱，生態環境一旦遭受到破壞，修復難度較大。
3、養殖戶之污染物防治積極性不高
很多人員看到發展畜牧養殖有利可圖，便一股腦的投入其中，受到養殖成本和人力成本上漲的影響，再加上動物養殖受市場波動影響較大和疫病發病率較高的沖擊，畜禽養殖行業的經濟效益逐漸下降，經濟收效較低，面對污染物治理的高額成本難以承擔，污染物的防治積極性不高。另外很多中小規模養殖場由于整體養殖規模較小，養殖較為分散，抵抗風險的能力較差，在市場價格出現波動時常常面臨著生存風險，他們更無暇顧及污染物的治理。再加上很多污染物治理設施在建設和運行過程中成本較高，很多養殖場建不起，使用不起。即便是某些規?；B殖場能夠建設相應的污染物處理設施，也因為設備運行費用較高而形同虛設，不能夠發揮其應有的污染物治理能力。
4、畜禽養殖污染物監管難度較大
畜禽養殖具有點多面廣的特點，養殖污染物結構十分復雜，種類較多，規模大小不一。在污染物監管過程中，如果僅僅依靠基層地區的監管隊伍，很難達到有效的治理。再加上近年來畜禽養殖規模的經濟效益逐漸變差，相關從業人員大多數是基層地區的弱勢群體。再加上近年來畜禽養殖規模的經濟效益逐漸變差，相關從業人員大多數是基層地區的弱勢群體。因此在進行畜禽防治污染治理過程中，僅僅依靠強制手段進行防控，難以達到有效的監督和控制。