1.運用生態學原理系統開發
生態系統最主要功能之一是生物地球化學旋回，即生物所需要的化學元素在生物體與外界環境之間的轉運過程。生態系統的物質循環被分成兩種：一種是生態系統內部的物質流動，另一種是生態系統外部的物質流動，即生態系統間的流動。 根據生態系統內部與外部中都具有一般性特征的物質流動，我們可以選擇集約化養殖模式，將集約化養殖模式置于生態系統中， 讓所有被投入系統的物質盡其最大可能在生態系統內部沿著食物鏈方向流動，因而流出生態系統的 就會是有利于環境質量的產品甚至可以成為對人們具有非常大經濟價值的產品。在養殖行業中，尤其是集約化、高密度的水產養殖系統能產生一系列嚴重的污染問題，這就要求我們要從合理性的生態系統群落結構出發，應對集約化、高密度的養殖模式， 即最大化的運用現有的資源環境，兼顧限量排放廢渣、廢水、廢氣，以提高系統生產力水平為方向，來開發具有先進水平的養殖生態工藝設計和養殖系統的生態工程。
2.水產養殖環境工程技術處理廢水
2.1 固體廢物去除技術
固體廢物去除技術就是去除懸浮于液體表面的固體顆粒物，主要就是將固體和液體進行分離。按照去除機制，可把這些分離方式劃為三種：過濾分離、重力分離和浮選分離。過濾分離主要是選用內部呈有相應填充物的過濾裝置對液體中的固體廢物進行過濾去除，固體廢物從懸浮于液體表面進入到濾器填充物上的方式會影響這種分離效果，因而根據不同的進入方式會選用不同的過濾裝置，如網狀過濾裝置、多孔填充物過濾裝置、粒狀填充物過濾裝置等;重力分離原理主要利用重力使其沉淀，即利用固體廢物與液體密度之間的不同，固體物質受到重力影響而沉降。目前主要用到的相關沉淀裝置有沉淀槽、水力旋流裝置、管狀沉淀裝置等; 浮選分離就是固體顆粒物附著于上升的氣泡上同時與水分離，如泡沫分離器。采用這種方法來進行分離的如能夠溶解的固體和小顆粒固體。
2.2 溶解性廢物去除技術
可溶性固體廢物的去除可利用細菌擴增系統、構筑濕地、生物濾池等方法。 養殖中后期池塘中會產生氨態氮和各種有機物等可溶性廢物。 處理這種類型廢水的過程中，最優先應去除的是氨態氮。 比較常見的去除氨態氮的方法為硝化作用過濾法和植物過濾法。相關資料顯示，許多種藻類物質被用來降解富營養化的養殖水環境。除此，具有硝化作用的過濾裝置作為常用的去除裝置也被應用于水產養殖過程中，它可分為淹沒式過濾裝置、鼓式生物過濾裝置、生物轉盤裝置、滴濾器裝置、珠狀過濾裝置和流化床裝置等， 這種過濾裝置主要是由于填充物上附著具有氨化作用的細菌，可更好地用于降解去除水中含有的可溶性的有機物質。
2.3 生態修復法
運用人工構建的微生態系統可處理養殖水環境里含有的重金屬，這就是治理重金屬污染的方法，即生態修復法?？梢酝ㄟ^養殖水環境中的生物對重金屬的吸收與富集，也可以運用相關介質進行化學沉淀作用及物理吸附、化學吸附等，因此它與單獨的物理吸附、化學吸附和生物吸附法不同。 最常用的修復方式可利用生態塘、人工濕地等進行修復，它們的優勢在于所需成本較低、治理效果明顯，缺點是對重金屬的處理具有吸附容量上限的控制并且它們還會對重金屬的類別進行選擇。相關文獻研究了關于利用生態修復法去除養殖水域中的重金屬情況，如吳長淋[12]等從研究人工濕地處理重金屬的機制和影響要素出發探討去除重金屬的方法。 Sheoran等等還對此方法去除重金屬的機制原理做了全面論述，得出此方法去除重金屬能夠得以實現是通過生物作用、物理作用及化學作用。